Inicialmente, a Agência, após obras de adaptação, ficou instalada no rés-do-chão do edifício do Governo Civil, onde anteriormente funcionara o Comissariado da Polícia, juntamente com a Repartição da Fazenda e outras dependências do Estado. Mas logo em 1893, o Governador Civil solicitava uma das casas atribuídas à Agência para alojar a Junta Geral. Esta situação manteve-se até 1913, ano em que devido às consecutivas insistências do Governador, "o Banco decidiu alugar uma casa na Rua Alfredo Keil onde," após as necessárias adaptações, a Agência começou a funcionar a partir de 31 de Março. Só em 1918 surgia a oportunidade de adquirir, "no melhor local da cidade," um edifício em ruínas e dois terrenos anexos, situados na Rua das Flores e Rua do Pina, edifício este posteriormente demolido para construção do novo edifício da Agência. O autor do projeto foi o arquiteto Eurico de Salles Viana, iniciando-se as obras em 11 de Dezembro de 1922 mas só em 27 de Julho de 1930 foram instalados e abertos ao público os serviços da Agência no novo edifício.